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金門高分檢將於收案後，深入討論關鍵的追訴時效是否消滅的問題，如果採行為時的發生時間民國68年，林毅夫遭通緝時效早已消滅，須撤銷通緝；但如果金門高分檢認同軍高檢的見解，將於收案後接續對林毅夫發布通緝。

民國68年間，林毅夫在擔任金門馬山連長時敵前棄職叛逃對岸，國防部當時基於部隊士氣考量，將林列為「失蹤」，直到民國91年，林毅夫為奔父喪對外透露有意返台意願後，高等軍事法院檢察署才對林毅夫發布通緝令，距林毅夫叛逃到大陸已經事隔23年。

多年來，林毅夫所犯法陸海空軍刑法的投敵罪，犯罪追訴時效是否已經完成，出現「既成犯」或「繼續犯」的兩極見解，軍方認為追訴時效尚未完成，若林毅夫返台，將依法處理。

對於林毅夫的叛逃事件，監察院曾2度糾正國防部，理由是國防部「早就知道林毅夫是叛逃而非失蹤」，但國防部始終淡化處 理，直到91年因「他人告發」，才對林毅夫發布通緝，並未讓林毅夫適用有利於他的法律，引發爭議。

軍事審判法去年修正，8月15日進行首波的移歸司法機關作業，包括引發國人關注的洪仲丘遭虐死案也換由桃園地院審判，在押及服刑中的軍囚也接歸司法監獄繼續服刑，被視為尹清楓命案關鍵人物的前海軍上校郭力恆，服刑近20年，軍方始終不願讓他假釋，但移關台北監獄後，去年底以刑滿身分出獄，被解讀為軍審法修正後的第一個受惠人。

而林毅夫叛逃案移由司法機關後，林毅夫的通緝問題可能也因此意外解套。法務部政務次長陳明堂表示，林毅夫叛逃案，是否撤緝或繼續通緝，將由金門高分檢認定。